蜂蜜发酵是常见的蜂蜜质量问题之一，与水分含量有直接关系。蜂蜜本身含有耐糖酵母菌，蜂蜜中水分含量过高时，在适宜的温度下，酵母菌便会大量繁殖，引起发酵。
蜂蜜在发酵过程中，酵母菌将蜂蜜中的葡萄糖和果糖分解，产生酒精和二氧化碳，酒精在好氧细菌的作用下转化为酸和水，从而使蜂蜜变稀、变酸、体积膨胀，打开盛装蜂蜜的容器时，常会有“呲”的一声或“砰”的一声响。发酵严重时，产生的大量二氧化碳气体会使盛装蜂蜜的容器爆裂。
从外观上，蜂蜜发酵后，颜色变浅，产生大量气泡，表面凸起聚集越来越多的泡沫，并会溢出容器。
从口感上，发酵后的蜂蜜变酸、变稀，风味受到破坏，吃起来发酸，不适口，会闻到一股酒味或酸味，尤其在夏天这种现象更为常见。
从内在品质上，蜂蜜发酵后品质遭到破坏，成分变了，蜂蜜中的葡萄糖、果糖转化成酒精、醋酸、水等，并释放出二氧化碳，产生气泡。
提示：蜂蜜具有吸湿性，能吸收空气中的水分，会使密封不严的蜂蜜，水分逐渐增加导致发酵。因此，蜂蜜食用后，要封严容器，放在阴凉的地方，最好放在冰箱中贮存。