不同种类蜂蜜的颜色不同。通常蜂蜜的颜色可大致分为白色、黄色、黄褐色、棕红色等几大类，如粗略划分，可将其分为深色蜜(蜜色较深，呈黄褐色或棕红色，如枣花、荆条、野菊花蜜等)和浅色蜜(蜜色较浅，通常呈水白色、白色或浅黄色，如洋槐、紫云英蜜等)。
在国际贸易中，通常用一种专门的仪器——普方特比色计来测量蜂蜜的透光度(因蜂蜜颜色深浅不同，其透光程度也不相同)，据此蜂蜜可分成水白色、特白色、白 色、特浅琥珀色、浅琥珀色、琥珀色及深琥珀色这7个等级。譬如：洋槐、紫云英蜜就属水白色至白色，个别颜色较深者为特浅琥珀色；野藿香、野桂花蜜为浅琥珀 色；枣花、荆条蜜为琥珀色；荞麦、桉树、板栗蜜为深琥珀色。