蜂蜜的一个为我们熟知的作用就是抗菌消炎，利用蜂蜜的抗菌消炎作用，可以做很多的事情，比如用蜂蜜治疗痘痘，用蜂蜜处理伤口，预防感染;还有用蜂蜜治疗腹泻或者便秘等等，都是利用蜂蜜抗菌消炎的作用。
新鲜成熟的蜂蜜，对多种细菌具有较强的抑制或灭杀作用，如流感杆菌、肠道杆菌、链球菌、黄曲霉菌、沙门氏菌以及革兰氏阴性和阳性等多种致病菌。在人们的生活中，以上病菌无所小在，时常寻机侵害人体，利用蜂蜜即可以对付它们。
例如肠道杆菌，总是寻找时机在肠道中作祟，造成肠道不适、疼痛或拉稀，而经常服用蜂蜜，即可以控制细菌的活动，从而避免或减轻病变和症状，保证了肠道的正常功能和有效运作。
蜂蜜的抗菌消炎作用与浓度有直接关系，低浓度蜂蜜有抑菌作用，高浓度蜂蜜町杀灭细菌，高浓度蜂蜜算得上是天然的抗菌防腐剂，从而显现出高浓度的优势。鉴于蜂蜜的高功效抗菌消炎及防病作用，在临床上人们将之用于结肠炎、肺结核等疾病的治疗，在外科上被用作创伤消炎止痛等，还被用来养护和保存心脏、肾脏等移植器官。研究与实践证明，用蜂蜜保养移植器官的效果远比其他营养液好得多。目前，国际、国内医疗界做器官移植手术，普遍用蜂蜜作器官保养液，效果十分理想。