根据症状轻重，选择病原微生物高度敏感和临床疗效较好，不良反应较少的抗菌药物。例如蜜蜂副伤寒、败血症，选用卡那霉素、庆大霉素的效果会优于青霉素。
抗菌药物的剂量不宜太大或太小，剂量太小起不了治疗作用；剂量太大，不仅造成浪费，并可引起严重反应。
在用药过程中应注意观察蜂群反应，如症状好转，应坚持继续用药；如果毒性反应过大，则应改换其他抗菌药物。
抗菌药物多数为抑菌药，仅为机体歼灭细菌创造一定的条件。为了更好地取得治疗效果，在使用抗菌药物同时，必须根据疾病的发生、发展情况，进行综合治疗。如改善饲养管理，增强蜂群本身的抵抗力，注意消毒，控制病原体进一步扩散。
联合应用抗菌药物虽然可获得相加作用或者协同作用，但有时也可产生拮抗现象或者增毒性反应
抗菌药物之间以及抗菌药与其他药物相混合时，有时可能产生药效抵触，应设法避免。