蜜蜂的选种要优选和纯选相结合，今年选种，明年用种，年年选种，越选越好，使蜂种的优良性状稳定地遗传和发展下去。优选和纯选包括三个互相联系的方面，即蜂群的生产力、生物学特性和形态特征。蜂群的生产力主要看在同样管理条件下的年产蜜量、产浆量和产蜡量，这是选种的重要标准。选蜜、浆、蜡产量高的群做种群和哺育群，使生产力更高，是选种的重要目的。
生物学特征方面主要看蜂王的产卵力、哺育蜂儿的能力、工蜂的采集能力、分蜂习性、抗病力、抗逆性(包括越冬性能、越夏性能、抗敌害能力等)和性情的温驯程度等。生物学特性也是优选的一部分，与生产力关系密切，没有这方面的良好特性，不可能有高的生产力。形态特征是指每一蜂种都具有的体型、体色、毛色、肘脉指数(由蜜蜂前翅上两条脉纹相接点的位置变化反映出来的数据)和绒毛宽度等特征。通过形态特征可以区别蜂种的纯度，反映整个种性遗传的稳定性。选纯也是必要的，不纯，蜂群高产的优良本性就保不住。以优为主，优选和纯选相结合的选种方法，在各个品种的蜜蜂的选种中都是适用的。不同品种的蜜蜂的优选和纯选有不同的具体内容，因此要注意各个品种的特点，发扬其优点，克服其缺点；同一个蜜蜂品种，优选和纯选的内容也不是固定不变的，而是不断发展的，蜜蜂的良种选育，就是要打破品种原有的相对稳定的优和纯，创造高一级的更好的优和纯，这就是蜜蜂新品系和新品种的培育。
在蜜蜂的选种工作中常采用集团选择的办法，首先是根据生产力、生物学特性和形态特征，给本场每个蜂群做一个综合评定，分成三组，产量高的纯种为第一组作为种群，中等的为第二组，用于生产和分蜂，差的为第三组，要尽早淘汰蜂王，蜂群用于生产。其次是种群的选配，蜂王决定雄蜂的纯度和品性，雄蜂反映蜂王，工蜂反映双亲的综合结果，并反映父群的雄蜂。在选择种群时母群要看工蜂和雄蜂的纯度，父群主要是看雄蜂的纯度。种群选配有异质选配和同质选配两种。选择的父群和母群在性状上各有特点称为异质选配，在选种开始时，多数采用这种方法，这种方法能综合和改良蜂种的种性；另一种是同质选配；即选择的父群和母群性状上比较一致，可用来巩固其优良性状。还有在蜂种混杂、退化的蜂场，最好向种蜂场引进同一品种的蜂王或种群，与原来蜂种进行交配，以便进行血液更新和复壮。具体做法是：
第一年用引进的种蜂作母群，培育的新王与本场原来种群培育的雄蜂交配繁殖，第二年用这些新蜂王作母群，从前一年引进的蜂王群中挑选父群培育雄蜂进行反交，或进行连续两代换种纯选法，即从种蜂场引进几只种王，作为母蜂养王和本场种用雄蜂交配，并把原场的老王一律淘汰换成新蜂王，第二年从另一种蜂场再引进几只优良种王重复第一年的做法。经两代换王和以后的选种，就能培育优良的纯种。蜜蜂的选种工作中还有一种方法叫纯系繁育，这种方法一般在育种蜂场进行，在生产单位很少使用。办法是用连续两代换种的方法，如果后代性状比较整齐一致，这个群就可以单立一个纯选系，连续几代进行近亲繁殖的选优、选纯。纯系繁育不在于纯系本身的生产效果，而在于它的育种价值。用几个来源不同、无血缘关系的优良纯系进行纯系间配种，可以综合成更有经济价值的优良纯种品系。