人们一早知道利用蜂蜜的抗菌作用，所以古代有利用蜂蜜腌渍肉类防腐保持新鲜，而在现代，则利用蜂蜜治疗刀伤、烫伤，内服对支气管炎、咽喉炎、消化性溃疡也均有一定疗效。
蜂蜜的抗菌作用从何而来？蜂蜜为什么抗菌?其实经过相关研究，已经有较深的认识，主要有以下几个方面：
1、蜂蜜的高渗透作用
蜂蜜是一种饱和甚至过饱和的糖溶液，糖分子和水分子相互作用，只留下极少量的游离水可供微生物利用。其水活度（aw，即天然环境中微生物可实际利用的自由水或游离水的含量）。天然成熟蜂蜜的aw值为0.63，几乎所有细菌生长繁殖所需的aw范围为0.9~0.98.因此引起伤口感染的细菌，不但不能从蜂蜜中取得生活用水，反而会被高糖度的蜂蜜脱水而死亡。
2、蜂蜜的酸度
天然蜂蜜是酸性的，ph都在3.2~4.5，大多数病原菌生长繁殖的适宜ph多在7.2~7.4，因此蜂蜜的这种酸度足以抑制多种病原菌的生长繁殖。
3、源于蜜蜂的抗菌因素
蜂蜜中含有蜜蜂的唾液腺、蜜腺分泌的某些酶，有抗菌作用的主要是溶菌酶和葡萄糖氧化酶
溶菌酶：一种碱性低分子蛋白质，主要作用于革兰氏阳性菌，使其细胞壁的主要成分β-1.4糖苷链断裂，造成细胞壁破裂，引起细菌死亡。
葡萄糖氧化酶：将蜂蜜中的葡萄糖氧化为葡萄糖酸和过氧化氢，过氧化氢分解产生的活性氧是杀死细菌及真菌的重要成分。过氧化氢分解时产生的氧化性很强的游离基，使细菌细胞中酶蛋白上的硫基氧化失去活性，表现出杀菌效果。
4、源于蜜源植物的抗菌因素
某些植物的蜜汁就带有杀菌物质，主要有：黄酮类化合物，如槲皮素、木犀草素、芹菜素、鼠李素、松属素、短叶松素、高良姜精、柯因等都具有抗菌作用。
挥发性物质：蒎烯、苎烯、桉叶油、芳樟醇、苯甲酸等等
近百年来，各国学者对于蜂蜜的抗菌活性进行了广泛的研究，证明蜂蜜对产检杆菌属、杆菌属、沙门氏菌属、志贺氏菌属、葡萄球菌属、链球菌属中的60多种细菌以及7种真菌有抑菌性。蜂蜜对其中的炭疽杆菌、大肠杆菌、肺炎杆菌白色念珠菌等很多细菌都有杀菌活性，在此就不一一摘录了。
总体说来，蜂蜜抗菌，其作用机理除蜂蜜的渗透性和酸度外，其它两方面的因素根据不同蜂蜜品种，其抗菌物质的种类、含量及抗菌效果有差异，因为各种蜂蜜的植物来源不同所含抗菌物质各异，而且它们的抗菌活性受热、光以及贮存时间等条件的影响。所以，作为医疗保健作用的蜂蜜应选用未经加热加工处理的成熟天然蜂蜜。