蜂毒肽有广泛的作用，但是由于其来源有限，且成本过高，已严重制约其应用，因此，降低成本，大量生产获得蜂毒肽成为解决问题的关键.作为获得手段，目前尚未见尝试用基因工程的方法生产蜂毒肽的报道，其原因可能是蜂毒肽对现在人们应用的所有基因工程表达系统都有致死性.从理论上讲，由于蜂毒肽对生物膜的破坏作用，克隆得到的蜂毒肽cdna 如果直接在原核或真核表达系统中表达对表达细胞是致死的.因此要从原核或真核表达系统中获得有活性的蜂毒肽，有两种方法可以解决这个矛盾:①表达其前体蛋白，然后经适当的修饰处理获得有活性的蜂毒肽.②使用条件表达的启动子，控制表达条件，从死亡的表达细胞中获得蜂毒肽.尽管体外实验中蜂毒肽对肿瘤细胞具有明显的作用，但目前仅限于实验室的基础性研究，还未进入临床实验，这主要是因为尚未得到高度纯化的蜂毒肽及蜂毒肽本身的溶血作用。
目前多尝试利用杂合肽或蜂毒肽类似物的方法使其既能发挥作用又可以减少溶血现象，boman 等用蜂毒肽的部分序列(1～ 13)和抗菌肽cecropin a 的部分序列(1～ 13)相融合，设计了一种新型抗菌重组多肽 ca(113)m(1～ 13)，这种新型抗菌重组多肽的抗菌能力很强而又不侵害真核细胞.subbalakshmi 等合成了拥有蜂毒肽 c 端 15 个残基的短肽，它的抗菌能力较蜂毒肽少 5～ 7 倍，然而溶血作用却少了 300 倍。两亲的α-螺旋结构是蜂毒肽可以溶解细胞的重要原因,oren 等合成了蜂毒肽的异构体，这种减少α-螺旋结构的分子保留了蜂毒肽的抗菌作用，却又对人红血球细胞没有影响。